title: 软件学习-conda
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abbrlink: 5375f878
date: 2023-04-14 08:52:52

介绍conda的使用教程

conda 介绍

conda 就是一个软件包安装管理系统，方便安装各种软件。

Anaconda 与 Miniconda 的差别。

Anaconda则是一个打包的集合，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，就是把很多常用的不常用的库都给你装好了。

Miniconda，顾名思义，它只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。就只包含最基本的东西，其他的库得自己装。

个人倾向于使用 Miniconda

miniconda 安装

先下载一个 bash 脚本

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

如果 wget 不行，可以尝试使用 curl 进行下载，或者手动下载然后上传到服务器

curl -O https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

运行如下代码进行安装 miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按照提示操作：

• 阅读并同意许可协议 (输入 “yes”)。
• 选择安装路径（我这里改为 /data/software/miniconda3）。
• 选择“yes”以初始化 Miniconda。

安装完成后刷新一下环境变了，通过查看 conda 版本确定是否安装成功。

source ~/.bashrc
conda --version

添加 channel

清华大学的 Conda 镜像源包含了许多常用的包和工具，您可以通过以下命令将其添加为 Conda 的默认 Channel。

执行以下命令将清华镜像源添加到 Conda 配置中：

# 1. 生成 .condarc 配置文件（若不存在）
conda config --set show_channel_urls yes

# 2. 添加清华镜像源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

# 3. 设置优先级（可选）
conda config --set channel_priority flexible

通过运行以下命令来查看当前 Conda 配置的 Channels：

conda config --show channels

通过下面的命令可以一键删除所有已添加的频道（包括镜像源），恢复默认的 defaults 频道。

这个是我发现有些时候用 清华源会导致包安装错误，出现 File not valid: file size doesn't match expectation 的问题，但是恢复为默认的 defaults 频道就没有问题。

conda config --remove-key channels

设置环境变量-root

root 安装 conda 后只是修改 root 账号本身的 .bashrc 文件，也就是只是修改了 root 账号的环境变量，如果要使得所有用户都能使用 Miniconda（而不只是某个特定用户），可以将 Miniconda 的路径添加到系统的全局配置文件中。

编辑 /etc/profile 文件，添加 Miniconda 路径

vi /etc/profile

我的做法是直接将 root 的 .bashrc 文件中关于 conda 的内容复制黏贴过来，放到最后面，内容如下

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/data/software/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/data/software/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/data/software/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/data/software/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

这样做不太好，这样做会使得所有账户都用 root 的 conda 环境，只要设置一下环境变量就行。

export PATH="/data/software/miniconda3/bin:$PATH"

然后 source 一下，使配置生效

source /etc/profile

切换成别的普通用户账号，可以通过以下命令检查是否成功将 Miniconda 路径添加到 $PATH：

echo $PATH

更新环境中的所有的可更新包

用下面命令更新所有包

conda update --all -y

何时需要使用这个命令

我是一开始就遇到依赖冲突了，conda 应该安装的不同的 sqlite 版本不一致导致了冲突，使用了这个命令就好了 。并且运行这个命令前，R 版本只能安装 4.4.2 ，运行后便升级为 4.4.3 。

场景	推荐频率	说明
环境维护	每月1-2次	保持包的最新稳定状态
解决依赖冲突	遇到问题时	修复因版本滞后导致的问题
安全更新	安全公告发布后	及时修补漏洞
准备共享环境	导出环境前	确保环境配置是最新状态

更新 python （其它软件通用）

安装 conda 会自带 python ，应该是 conda 能支持的最新的

1. 检查当前 Python 版本

首先，检查当前环境中 Python 的版本，以确认您需要更新：

conda list python

或

python --version

这会显示当前环境中安装的 Python 版本。

2. 更新 Conda

更新 Conda 本身，确保使用的是最新版本的 conda：

conda update conda

3. 更新 Python

然后，您可以更新 Python 版本。您可以选择指定您需要的 Python 版本，或者让 Conda 更新到可用的最新版本（Conda 可用的最新版本可能会落后于实际最新版本，比如 python 现在的最新版本是 3.13 ，但是我an）。

​ 3.1 更新到最新版本的 Python：

conda update python

​ 3.2 安装指定版本的 Python：

如果您想更新到特定版本的 Python，例如 Python 3.9.5 (如果是降低版本，最好还是在一个虚拟环境中安装，避免弄乱主环境)：

conda install python=3.9.5

这将安装您指定版本的 Python，同时更新环境中的其他依赖包。

4. 验证更新

更新完成后，您可以通过以下命令验证 Python 的版本是否已更新：

python --version

或者：

conda list python

5. 如果遇到依赖问题

有时更新 Python 版本可能会导致依赖包的兼容性问题。您可以通过创建一个新的环境来避免这些问题：

conda create --name new_env python=3.12.9
conda activate new_env # 激活环境
conda deactivate      # 退出环境

这样会创建一个新的环境，使用您指定的 Python 版本。

安装 python 包

建议优先使用 conda 安装，只有在conda 中没有的情况下才用 pip 安装，因为二者之间可能产生冲突。

安装 R

先查找一下 r

conda search r

安装 r

conda install -c conda-forge r=4.4

看一下版本

which R
R --version

安装 R 包

在 Conda 环境中安装 R 后，优先通过 conda 安装 R 的常用包，其次通过 install.packages() 安装。

在 conda 中的 R 包命名规则为：Conda 中的 R 包名前缀为 r-（如 r-dplyr），Bioconductor 包前缀为bioconductor-。

例如，安装常用的 R 包 ggplot2：

conda install r-ggplot2

我之前一直使用 install.packages() 安装R包。

重装conda

重装系统

如果是要重装系统了，那么有一个简单的方法可以保存原来的 conda 环境，首先我们将原来的 miniconda3 安装包 和 home 路径下的 .bashrc ，.condarc （如果是 root ，则可能还有 /etc/profile ）保存下来。

之后在原来的位置(注意，必须是原来的位置)复制黏贴原来的 miniconda3 安装包 ，修改 home 路径下的 .bashrc ，.condarc文件即可。

conda 崩溃

如果是 conda 崩溃了，那么只能保存 conda 中还有用的部分，比如R 包（*/miniConda/miniconda3/lib/R/library），虚拟环境（*/miniConda/envs）。

安装其它软件

bcftools

conda search -c bioconda -c conda-forge bcftools

conda install -c bioconda -c conda-forge bcftools=1.21

bcftools --version

shapeit4

conda create -n shapeit4
conda activate shapeit4

conda search shapeit4
conda install shapeit4=4.2.2

# 设置环境变量，尚未修改路径
ln -s /opt/miniconda3/envs/shapeit4/bin/shapeit4 /usr/local/bin

conda deactivate

个人账户安装 shapeit4 时遇到报错，如下，暂时无法解决。

critical libconda filesystem error: cannot copy symlink: Invalid argument [/data/zhouziwen/software/miniconda3/pkgs/ncurses-6.5-h2d0b736_3/bin/captoinfo] [/data/zhouziwen/software/miniconda3/envs/shapeit4/bin/captoinfo]

安装一下 gcc , g++

conda install -c conda-forge gcc
conda install -c conda-forge gxx

检查一下

gcc --version
g++ --version

设置一下环境变量

# 永久设置（添加到 ~/.bashrc）
echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$CONDA_PREFIX/lib:$LD_LIBRARY_PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

在 Bash 脚本中激活 Conda 环境

方法一：使用 source加载 Conda 初始化脚本（推荐）

这里我测试了一下，用这个方法就行

#!/bin/bash

# 1. 加载 Conda 初始化脚本
source "/path/to/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"

# 2. 激活环境
conda activate snakemake

# 3. 执行命令
snakemake --cores 4

方法二：使用 eval初始化

#!/bin/bash

# 初始化 Conda
eval "$(conda shell.bash hook)"

# 激活环境
conda activate snakemake

# 执行命令
snakemake --cores 4