python包-re-time-random-collections-argparse

多个比较简单的 python 包的备忘录。

re

多个分隔符拆分字符串

内置的 split() 函数只能有一个分隔符，可以采用 re 模块的 split 函数，可以采用多个分隔符，用 | 分开

import re
re.split(';|:', text)

time

打印软件运行开始和结束时间如下

begin_time = time.strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S", time.localtime())
print("Start time: {}\n".format(begin_time)) 


end_time = time.strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S", time.localtime())
print("Finish time: {}\n".format(end_time)) 

random

shuffle

shuffle 可以将列表中的元素随机排列（原地操作）

import random
list1 = list(range(10))
random.shuffle(list1)
print(list1)

输出为

[0, 4, 5, 6, 7, 2, 3, 8, 9, 1]

collections

defaultdict

可以设置字典的值的默认格式，比如列表

from collections import defaultdict
dict1 = defaultdict(list)

Counter

字典的值默认为 0，起到计数功能

from collections import Counter
dict1 = Counter()
dict1["a"] += 1

统计最常见的数（计数最多的键），使用 most_common([n]) 函数，其中的参数为输出键值对数目（如果省略则输出全部元素）。

from collections import Counter
dict1 = Counter('abracadabra')
dict1.most_common(3)

输出为

[('a', 5), ('b', 2), ('r', 2)]

OrderedDict

有序字典

from collections import OrderedDict
dict1 = OrderedDict()

argparse

第一步，创建解析步骤

import argparse
parser = argparse.ArgumentParser(prog = '', description='Process some integers.')

• prog : 程序名称，默认为 sys.argv[0]
• description :是对整个程序的说明，会打印在帮助文档的开头

第二步，添加参数

parser.add_argument("-r", "--raw", required=True, 
    help='''the raw file generated from plink software''')

每一个参数单独设置，参数名称可以设置为缩写（-h）和全称（–help），也可以同时设置。

重要参数设定解释：

• type

  参数类型，默认为str ， 也可以设置为 float 或 int 。

• choices

  指定参数值的范围，必须事先指定 type

  举个例子，这里是设置 -x 参数必须是从1到3的某个整数

  parser.add_argument('-x', type=int, choices=range(1, 4))

  如果输入的参数不在这个范围内，则报错

  usage: [-h] {1,2,3}
  : error: argument x: invalid choice: 4 (choose from 1, 2, 3)

• required

  是否为必选参数，默认为True （仅针对可选选项）

• default

  该参数未出现时的默认值（感觉应该配合required = False ，联合使用）

• help

  帮助的解释信息

第三步，解析参数

args = parser.parse_args()
print(args.gpus)

实际例子

#coding=utf-8
import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(description='do sth')

# 添加参数步骤
parser.add_argument("-r", "--raw", required=True, 
    help='''the raw file''')
parser.add_argument("-i", "--id", required=True, 
    help='''id file''')
parser.add_argument("-p", "--pedigree", required=True, 
    help='''the pedigree file''')
parser.add_argument("-c", "--choose", required=False, 
    help='''a list file''')


# 解析参数步骤  
args = parser.parse_args()
print(args.raw)
print(args.id)
print(args.pedigree)
print(args.choose)    

参考文献

1. Python-argparse-命令行与参数解析