批量下载R包

在一个新服务器上重新安装一堆R包，估计是最让人头疼的事情之一了。

第一种方式，复制黏贴 library 文件夹

如果你在两个服务器中安装的 R 的版本相同，那么最简单的方式就是从旧服务器中R的目录中找到 library 文件夹（比如我的在 */miniConda/miniconda3/lib/R/library ），然后黏贴到新服务器的相同目录下（记得备份一下新服务器的 library 文件夹 ），如果你够幸运的话就没啥问题了。

但是我旧的R版本是 3.6 ，新的 R 版本是 4.0 ，复制黏贴过去运行R直接报错，这条路就不通了。

第二种方式，批量安装

1. 查找所有需要安装的 R 包

我采用下面的命令行，在脚本文件夹中便利所有内容，找到所有加载R包的语句

cat * | grep "library(" | sort | uniq

找到一堆 library(*) 的语句后，我是直接复制到 Excel 里，用 excel 的智能填充提取 R 包名称（快捷键为 ctrl+e）, 然后用 f9 提取数组信息提取所有包名，简单处理后得到所有 R 包名称序列，如下。

all_packages <- c("*","*")

2. 简单区分R包来源并安装

我们通过 available.packages() 函数提取 CRAN 中所有可用的R包

ap <- available.packages() # cran 中所有可用的包

我们先简单地将需要安装的 R 包分为两类，如果在 ap 中则视为 CRAN 中的 R 包，采用 install.packages() 来安装；如果不在 ap 中则视为 Bioconductor 中的 R 包，采用 BiocManager::install() 命令来安装。

cran_packages <- all_packages[all_packages %in% rownames(ap)]
# length(cran_packages)

bio_packages <- all_packages[!(all_packages %in% rownames(ap))]
# length(bio_packages)


install.packages(cran_packages) # 一次性安装所有的 cran 包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(bio_packages) # 一次性安装所有的 bioconductor 包

3. 确定哪些R包没有安装成功

将所有需要安装的R包，与所有已经安装的R包进行配对，确定哪些R包没有安装成功

# 所有已经安装的 R 包

installed_packages = row.names(installed.packages())

# 查看哪些 R 包还没有安装

no_cran_packages = cran_packages[!(cran_packages %in% installed_packages)]
no_cran_packages # 2 个 [1] "ggpubr" "car"

no_bio_packages = bio_packages[!(bio_packages %in% installed_packages)]
no_bio_packages # 0 个

install.packages(no_cran_packages) # 再来一次

BiocManager::install(no_bio_packages) # 再来一次

4. 需要特殊安装的 R 包

有些 R 包其实是从 GitHub 安装的，或者从别的地方安装，因此需要特殊安装一下。

如果你足够幸运的话，你到这一步应该就把所有的 R 包都安装好了，还有没装好的，估计就是遇到问题了。

5. 始终安装失败的包，手动下载安装

我有两个 CRAN 中的 R 包一直安装不下来，ggpubr 和 car ， 本来打算手动安装。因为存在附属包的情况，所以手动安装往往需要 “套娃式” 安装。

# 手动安装 ggpubr， 事先安装 rstatix
R CMD INSTALL /mnt/data/zhouziwen/lib/R_packages/ggpubr_0.4.0.tar.gz

# 手动安装  car, 事先安装 pbkrtest lme4
R CMD INSTALL /mnt/data/zhouziwen/lib/R_packages/nloptr_2.0.0.tar.gz
R CMD INSTALL /mnt/data/zhouziwen/lib/R_packages/lme4_1.1-13.tar.gz
R CMD INSTALL /mnt/data/zhouziwen/lib/R_packages/pbkrtest_0.5.1.tar.gz
R CMD INSTALL /mnt/data/zhouziwen/lib/R_packages/car_3.0-12.tar.gz

并且，手动安装还是遇到了相同的报错。

CMake Error: The source directory "/tmp/RtmpGALOB5/R.INSTALL62081f90ce01/nloptr/src/nlopt-build" does not exist.
Specify --help for usage, or press the help button on the CMake GUI

此时，真正消耗时间和心情的步骤才来了，然后我就在网上搜索这个报错，没有找到清晰的答案（R 包安装不上的情况貌似一向如此，基本上找不到明白的答案，或者说别人的答案你试了可能还是没用）。

5.1 重装 cmake

然后一番东搞西搞以后，我发现有一个 cmake 软件，从 https://cmake.org/download/ 下载 cmake-3.22.2-linux-x86_64.tar.gz ，然后先解压

tar -zvxf cmake-3.22.2-linux-x86_64.tar.gz

解压以后，bin 文件夹中就有新的 cmake 软件，将这个 bin 文件夹加入到环境变量

export PATH="*/cmake-3.22.2-linux-x86_64/bin:$PATH"

之前的版本是 2.8 ，现在的版本如下，估计可能就是版本太低了。

$ cmake --version
cmake version 3.22.2

CMake suite maintained and supported by Kitware (kitware.com/cmake).

然后正常用 install.packages() 命令来安装 ggpubr 和 car 就正常了。