python包-gmat

使用 gmat 创建 G 阵。这个包没有维护了，已经过时了。

安装

这个只能用 pip 安装，不能用 conda

pip install gmat

我在 scnet 平台上安装不成功，尝试了一下下面的命令，先安装编译器才成功。

# 安装 conda 版本的编译工具链
conda install -c conda-forge compilers hdf5
# 再重新用 pip 安装
pip install gmat

不行，看上去装上了，实际还是没装上，AI 说gmat 对 Python ≥3.10 的支持并不稳定，让我回退到 3.8或3.9 ，算了。

改用新的gmatrix生成 G 阵

gmatrix --bfile ../gene --grm agrm --out gmatrix

使用

示例代码如下

import logging
from gmat.gmatrix import agmat
# from gmat.uvlmm.gwas import fixed_repeat

logging.basicConfig(level=logging.INFO)

bed_file = '../gene' #plink文件
# pheno_file = 'pheno.txt' # 表型文件， 第一列id，最后一列是表型，中间列放固定效应


# 计算基因组关系矩阵
agmat_file = 'gmatrix'
agmat2 = agmat(bed_file, out_file=agmat_file, inv=False, small_val=0.001, out_fmt='id_id_val')

输入文件是二进制文件，这里输出结果文件为三列:个体号、个体号、值。agmat_file = 'gmatrix' 是输出结果的前缀。