软件学习-conda

我一般在linux 系统下会用 conda 安装 R 和 python 。

Anaconda 与 Miniconda 介绍

Anaconda是一个免费开源[5]的Python和R语言的发行版本，用于计算科学（数据科学、机器学习、大数据处理和预测分析），Anaconda致力于简化软件包管理系统和部署。Anaconda的包使用软件包管理系统Conda[6]进行管理。超过1200万人使用Anaconda发行版本，并且Anaconda拥有超过1400个适用于Windows、Linux和MacOS的数据科学软件包[7]。 - 维基百科

Anaconda 与 Miniconda 的差别。

Anaconda则是一个打包的集合，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，就是把很多常用的不常用的库都给你装好了。

Miniconda，顾名思义，它只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。就只包含最基本的东西，其他的库得自己装。

个人倾向于使用 Miniconda

Miniconda 安装

网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=D

安装代码

cd /mnt/data/zhouziwen/lib
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装过程

Do you accept the license terms? [yes|no] #是否接受协议，必须选 yes
yes


Anaconda3 will now be installed into this location: #安装位置，必须给一个事先不存在的路径
/mnt/data/zhouziwen/lib/miniconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/home/zhouziwen/anaconda3] >>> /mnt/data/zhouziwen/bin/Anaconda/Anaconda3

Do you wish the installer to initialize Anaconda3 #选yes
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes

#之后就没有提示了

注意，需要退出终端后，再次进入才能输入conda命令。

或者不想退出的话，刷新一下环境变量

source ~/.bashrc

查看是否安装R和python

安装好之后，发现自带了python，但是没有R

$ which python
/mnt/data/zhouziwen/bin/Anaconda/Anaconda3/bin/python
$ which R
/usr/bin/R
$ whereis R
R: /usr/bin/R /usr/bin/R.distrib /usr/lib64/R /usr/include/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz

到Anaconda 的 bin 文件夹下看看，确实没有R，再安装R

安装 R 4.1

https://www.jianshu.com/p/9a77174549cc

安装好 Miniconda 之后，首先添加 channel : 清华镜像 free conda-forge bioconda （Miniconda 默认情况下，R 版本最高为 3.6，有点低）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

查看当前的镜像

conda config --show

此时再查找一下可以用的 R (conda search r) ，发现就有了 4.0 和 4.1

安装 4.1.0 版本

conda install r-base=4.1.0

卸载R

我发现使用 conda remove r 只能卸载R包，不能卸载R。

只能是粗暴地手动删除了。先找到R所在路径

$ which R
/mnt/data/zhouziwen/bin/Anaconda/Anaconda3/bin/R

这里的 R 文件是一个软链接，链接到 ../lib/bin/R。删除

额，找到了 ../lib/R 文件夹，没有找到 ../lib/bin 文件夹。删除

ok，删除成功

$ which R
/usr/bin/R

版本回退

我发现 conda 也有类似于 git 一样的版本控制功能，首先使用下面的语句查看所有版本。

conda list --revision

确定需要回退的版本后，使用下面的语句回退到历史版本。

conda install --rev 1

如果遇到报错，比如下面的语句

RemoveError: 'requests' is a dependency of conda and cannot be removed from conda's operating environment

那么先退出 conda 环境（base） ，然后更新 conda ，如下

conda deactivate
conda update conda

还是不行，就只能删除 conda 文件夹，重新按照 conda 了。

创建虚拟环境

创建虚拟环境，后面可以指定自带的python版本 (这里我保持与主环境一致)。

conda create --name R4.1.0 python=3.9.5

创建后的虚拟环境在 envs 文件夹下。

进入虚拟环境

conda activate R4.1.0

安装 R

conda search r
conda install r-base=4.1.0

进入 R

/mnt/data/zhouziwen/lib/miniconda3/envs/R4.1.0/bin/R
packageVersion("showtext")

安装 R 包举例（这样安装的R包版本可能对应不上，如果无法使用则卸载后重新安装一个版本更低的）

conda search r-showtext
conda install r-showtext

退出虚拟环境

conda deactivate

卸载 R 包， 与 conda remove 是同一个命令。

conda uninstall r-showtext

查看所有环境

conda env list

卸载环境

conda remove --name sth --all