创建kegg本地数据库

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将 kegg 数据库下载到本地，避免因为无法连接到 kegg 网页而无法分析。

创建

library(createKEGGdb)

org = "gmx"

createKEGGdb::create_kegg_db(org) 

#file.rename("./KEGG.db_1.0.tar.gz", sprintf("./KEGG.db_1.0_%s.tar.gz", org))

然后安装这个包

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install.packages("KEGG.db_1.0.tar.gz", type='source', repos = NULL)

library(KEGG.db)

之后进行 kegg 分析，唯一的区别就是设置 use_internal_data=T

1	ekk=enrichKEGG(gene=eg$ENTREZID, organism=organism,keyType="kegg",pAdjustMethod="none",pvalueCutoff=1, use_internal_data=T)