python包-使用pysam库处理vcf.gz文件

如何使用 pysam 库直接读取 bgzip 压缩的 vcf.gz 文件。

使用 pysam 库处理 vcf.gz 文件可以实现对压缩的 VCF 文件进行读取、写入和查询等操作。以下是一些常见的 pysam 操作示例：

读取 vcf.gz 文件：

import pysam

# 打开压缩的 VCF 文件
vcf_file = pysam.VariantFile('file.vcf.gz')

# 遍历所有记录
for record in vcf_file:
    # 处理每个记录
    f = str(record).split()

# 关闭文件
vcf_file.close()

在上面的代码中，我们使用 VariantFile 类来打开 vcf.gz 文件，并使用 for 循环遍历每个记录。你可以根据需要处理每个记录。

注意需要读取的 vcf.gz 文件必须事先 index 。

bcftools index file.vcf.gz

写入 vcf.gz 文件：

import pysam

# 创建一个新的 VCF 文件
vcf_out = pysam.VariantFile('output.vcf.gz', 'w', header=vcf_file.header)

# 遍历原始 VCF 文件的记录并写入新文件
for record in vcf_file:
    f = str(record).split()
    vcf_out.write(record)

# 关闭文件
vcf_out.close()
vcf_file.close()

在上面的代码中，我们创建了一个新的 VariantFile 对象用于写入记录，并通过指定 header 参数设置了相同的头部信息。然后，我们遍历原始 vcf.gz 文件的记录，并将每个记录写入新文件。

查询特定区域的记录：

import pysam

# 打开压缩的 VCF 文件
vcf_file = pysam.VariantFile('file.vcf.gz')

# 查询特定区域的记录（例如：染色体1，位置从1000到2000）
region_records = vcf_file.fetch('1', 1000, 2000)

# 遍历查询结果
for record in region_records:
    # 处理每个记录
    f = str(record).split()

# 关闭文件
vcf_file.close()

在上面的代码中，我们使用 fetch() 方法查询 vcf.gz 文件中某个特定区域的记录。通过指定染色体名称和起始/结束位置，可以获取该区域的记录。