R包-pedigreemm

pedigreemm 是处理系谱构建A阵，A逆阵等的一个 R 包，但是基于实操发现这个R包不能处理数据量较大的系谱。

构建A阵

我本来的目的就是用这个包构建A阵，代码如下

其中 editPed() 函数用于处理系谱数据，pedigree() 用于构建“pedigree”类的对象，getA() 用于生成A阵

library(pedigreemm)
# 处理系谱，构建 A阵
pedigree_file = read.table("pedigree_uncode", header=F, na.strings="0")

pede = editPed(sire=pedigree_file$V2,dam=pedigree_file$V3,label=pedigree_file$V1)
ped <- pedigree(sire = pede$sire,dam = pede$dam,label = pede$label)
A = getA(ped)

但是最后一步遇到了报错，提示数据量太大

> A = getA(ped)
Error in .local(x, y = y, ...) :
  Cholmod error 'problem too large' at file ../Core/cholmod_sparse.c, line 89

这里系谱行数为 141199 。

此时可以改用 nadiv 包构建A阵， nadiv 包没有限制系谱数目。