如何使用blupf90进行GBLUP分析

blupf90 默认只能使用一步法进行基因组选择,本身并不支持 GBLUP ,但是我们可以做一些修改,使之进行 GBLUP 运算。

准备数据

系谱:只有基因型个体,并且基因型个体的亲本均为 0

表型:必须只包含基因型个体的表型。

基因型:如同一步法。

修改参数卡

blupf90 构建 阵的时候会做一些处理,由于其默认进行的是 ssblup ,因此最好做一些修改。

第一个选项是指构建 阵时原始 阵和 阵的比例修改为 0.99 和 0.01,默认是 0.95 和 0.05。由于此时的 阵就是一个单位矩阵,此时的效果就是对原始 阵的对角线元素均加上一个很小的数 0.01,使得 阵可逆。

第二个选项时关闭 Tuning 步骤,即不用使得 矩阵的取值范围相同。

第三个选项是避免因为 阵和 阵的相关过低导致程序中止。

1
2
3
OPTION AlphaBeta 0.99 0.01
OPTION tunedG 0
OPTION thrStopCorAG -0.9

运行 BLUPF90

现在正常运行 BLUPF90 ,得到的结果就是 GBLUP 结果。

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