安装R包报错解决思路

这算是批量下载R包的续篇了。

现状

1. 安装 R 包报错稀奇古怪，根据报错信息在网络上找不到多少教程，或者按照网上的教程去做也不一定。往往因为一个或几个安装不上的 R 包，要花上个把小时的时间，甚至最终还是解决不了，令人火大，效率低下。
2. R 包之间可能存在冲突。举个例子，最近新安装了 GenomicRanges 包之后，发现之前安装的 tidyverse 就自动没了，而且之后死活安装不上。
3. 使用 conda 安装 R 包可行，但是可能会弄乱环境，可能使得其它已经安装的 R 包无法正常使用（因为 conda 权限太高，过于霸道，会自动安装、卸载，更改（版本）其它R包和软件）。甚至于我用 conda 卸载别的软件，它顺带把我的 R 也卸载了。

方法论

因为安装 R 包存在的种种问题，结合飞哥的启发，我整理了一套解决R包安装失败的方法论。

1. 备份之前的 library 文件夹，如果存在这个 R 包，则直接将其文件夹 (及附属R包) 复制过来，测试是否成功（注意 R 版本必须完全保持一致，比如我目前都是用的 4.1.0 版本 ）。
2. 还是根据报错信息在网上找教程，稍微尝试几下，注意不要花太多时间，敢于放弃。
3. 前两步都失败的话，则用 conda创建一个专门下载 R 包的虚拟环境，在其中用默认方式和conda install下载安装R包，安装成功后将其在 library 中的文件夹复制过来。
4. 如果还不行，用 conda再创建一个全新的虚拟环境（相当于重头再来），只安装这一个 R 包（避免其它已经安装的 R包的影响）。

示例脚本如下，更详细的脚本和解释见软件学习-conda

conda create --name R4.1 python=3.9.10
conda activate R4.1
conda search r
conda install r-base=4.1.0

# 进入 R 环境 
/mnt/data/zhouziwen/lib/miniconda3/envs/R4.1/bin/R
install.packages("")
BiocManager::install("") 
packageVersion("")

# 使用 conda 安装
conda search r-showtext
conda install r-showtext

# 如果无法使用，则卸载，重新安装一个版本比较低的
conda uninstall r-showtext

# 退出虚拟环境
conda deactivate