windows下运行R-python-dmu-blupf90

在windows 的 cmd 中运行 R , Python, dmu, blupf90。

运行R脚本

1. 将Rscript.exe所在路径加到环境变量path下，路径一般为C:\Program Files\R\R-4.0.2\bin（就是安装的R路径中的 bin 文件，里面有 Rscript.exe 和 R.exe）

   如果实在找不到，打开 everything 软件的窗口，点击搜索-全字匹配（如下图），搜索 Rscript.exe

2. 调用 cmd ，首先进入到程序和输入文件的文件夹（cd 命令），然后

   在windows 命令行中敲入以下命令运行程序（sth.R 为 R 脚本名称, 注意大小写）

   Rscript sth.R

   如果存在参数，则在后面跟上参数（空格分隔，下面 args1 和 args2 分别为第一个和第二个参数）

   Rscript sth.R args1 args2

举例，截图如下

运行python脚本

1. 将 python 的两个路径均加入到环境变量里，我这里是 D:\software\python\ 和 D:\software\python\Scripts\ ，python 在第一个路径中，ipython 和 pip 在第二个路径中。

   注意，需要放在 C:\Users\zhuan\AppData\Local\Microsoft\WindowsApps 的前面，不然会调用这个路径中的 python

2. 调用 cmd，首先进入到程序和输入文件的文件夹（cd 命令）， 然后正常运行 python 即可，例如

   python pick.py --id-file need_pedigree.txt --big-file save_id.txt --seek-column 1

运行 DMU

安装程序

64 位计算机双击 DMUv6-R5-2-EM64T.msi 程序进行安装，每次点击下一步即可。

将安装路径加入到环境变量中，例如 C:\Program Files (x86)\QGG-AU\DMUv6\R5.2-EM64T\bin

运行 DUM

调用 cmd, 首先进入到输入文件夹的目录中，然后执行下面的命令，唯一的一个参数是参数卡前缀。

run_dmuai.bat sz

运行截图如下

运行 blupf90

下载程序

官网：http://nce.ads.uga.edu/html/projects/programs/Windows/

从官网下载程序，这里存放在 blupf90_win64 文件夹中，然后将 blupf90_win64 文件夹加入到环境变量 path中。

然后在 cmd 中测试一下，输入 renunf90.exe ，如果弹出下面的文字，说明安装成功。

第一次运行报错 “由于找不到libiomp5md.dll，无法继续执行代码”，从网上下载 libiomp5md.dll ，放到 blupf90_win64 文件夹中

运行 blupf90

首先，进入输入文件的文件夹中

然后，首先运行 renumf90.exe （唯一一个参数为参数卡名称） ，对输入文件进行重编码，下面会有一堆提示，输入文件夹中出现 renf90 开头的一堆重编码文件。

renumf90.exe par_name

然后运行 blupf90 估计育种值，参数固定为 renf90.par。

blupf90.exe renf90.par