如何使用 blupf90 软件构建母体效应模型。

母体效应模型理论

有一些性状可以收到母体的影响很大，比如断奶重，那么我们就可以将母体的效应加入到模型中。母体效应又可以分为两类，母体遗传效应和母体环境效应。

一般的模型模型如下

这里 是固定效应， 是个体直接加性效应， 是母体遗传效应， 是母体永久环境效应， 是残差。

相应的协方差矩阵如下

其中个体直接加性效应和母体效应的加性协方差矩阵为

准备文件

其它准备文件和正常的个体动物模型一样，只需要修改 renumf90 的参数卡。

参数卡只需新增一个关键词 OPTIONAL，这个关键词必须放在加性效应EFFECT的后面，如下图所示。这里最多可以加入三个效应，pe (永久环境效应)，mat (母体遗传效应)， mpe （母体环境效应）。

如果表型个体缺少系谱（母本为 0），需要手动剔除这些个体的表型（相当于存在因子缺失）。我测试了一下，BLUPF90 会将缺失的母本也分配一个虚拟的重编码个体号，就是说也当成一个已知的个体，这应该不符合我们的预期。

如果你选了mat（母系效应），那么 (CO)VARIANCES 地方必须放一个 的矩阵（单性状模型），包括个体直接加性效应和母体加性效应 (注意顺序，第一个是个体加性效应，第二个是母体加性效应)；如果你选了 mpe，那么你应该把永久环境效应方差放在 (C0)VARIANCES_MPE中；如果你选了 pe，那么你应该把永久环境效应方差放在 (C0)VARIANCES_PE中。

按照上面的母体效应模型，我们应该往模型中加入 mat 和 mpe 。