使用blupf90构建母体效应模型

如何使用 blupf90 软件构建母体效应模型。

母体效应模型理论

有一些性状可以收到母体的影响很大,比如断奶重,那么我们就可以将母体的效应加入到模型中。母体效应又可以分为两类,母体遗传效应和母体环境效应。

一般的模型模型如下

这里 是固定效应, 是个体直接加性效应, 是母体遗传效应, 是母体永久环境效应, 是残差。

相应的协方差矩阵如下

其中个体直接加性效应和母体效应的加性协方差矩阵为

准备文件

其它准备文件和正常的个体动物模型一样,只需要修改 renumf90 的参数卡。

参数卡只需新增一个关键词 OPTIONAL,这个关键词必须放在加性效应EFFECT的后面,如下图所示。这里最多可以加入三个效应,pe (永久环境效应),mat (母体遗传效应), mpe (母体环境效应)。

如果表型个体缺少系谱(母本为 0),需要手动剔除这些个体的表型(相当于存在因子缺失)。我测试了一下,BLUPF90 会将缺失的母本也分配一个虚拟的重编码个体号,就是说也当成一个已知的个体,这应该不符合我们的预期。

如果你选了mat(母系效应),那么 (CO)VARIANCES 地方必须放一个 的矩阵(单性状模型),包括个体直接加性效应和母体加性效应 (注意顺序,第一个是个体加性效应,第二个是母体加性效应);如果你选了 mpe,那么你应该把永久环境效应方差放在 (C0)VARIANCES_MPE中;如果你选了 pe,那么你应该把永久环境效应方差放在 (C0)VARIANCES_PE中。

按照上面的母体效应模型,我们应该往模型中加入 matmpe

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