R包-cMplot

用来绘制曼哈顿图和QQ图。除了正常的曼哈顿图，还可以画环形的曼哈顿图。

github官网

1. 安装与加载

CMplot是一个成熟的 R 语言包，可以直接通过 CRAN 安装：

# 安装
install.packages("CMplot")
# 加载
library(CMplot)

2. 准备数据

CMplot对输入数据格式有明确要求，通常是一个数据框（dataframe）：

• 第 1 列：SNP 名称（如 rs 编号）。
• 第 2 列：染色体编号（Chromosome，支持数字或 X/Y）。
• 第 3 列：SNP 物理位置（Position）。
• 后续列：对应的 P 值（可以是单性状或多性状）。

包内自带了示例数据集 pig60K和 cattle50K，你可以直接加载查看格式：

data(pig60K)
head(pig60K)

3. 绘制曼哈顿图 (Manhattan Plot)

双阈值_存在SNP密度图

通过设置 plot.type="m"来绘制常规的曼哈顿图。常用参数包括设置阈值线、颜色等。

CMplot(
  pig60K[, 1:4],  # 输入数据：数据框，第1列SNP名，第2列染色体，第3列物理位置，第4列P值
  plot.type = "m", # 绘图类型："m" 表示 Manhattan plot（曼哈顿图）
  LOG10 = TRUE,    # 是否将 P 值转换为 -log10(P) 尺度：TRUE 表示转换
  ylim = NULL,     # Y轴范围：NULL 表示根据数据自动适应，也可设为 c(min, max)
  threshold = c(1e-6, 1e-4), # 显著性阈值：可设置多个阈值线（如全基因组显著和 suggestive 阈值）
  threshold.lty = c(1, 2),   # 阈值线类型：1=实线，2=虚线
  threshold.lwd = c(1, 1),   # 阈值线宽度：控制线条粗细
  threshold.col = c("black", "grey"), # 阈值线颜色
  amplify = TRUE,    # 是否放大显著点：TRUE 表示大于最小显著性水平的点会被放大
  bin.size = 1e6,    # 窗口大小（bp）：用于计算 SNP 密度的窗口大小（1 Mb）
  chr.den.col = c("darkgreen", "yellow", "red"), # 染色体密度颜色：从低密度到高密度的渐变色
  signal.col = c("red", "green"), # 显著点颜色：分别对应不同阈值线上的显著点颜色
  signal.cex = c(1.5, 1.5),     # 显著点大小：放大后的点尺寸
  signal.pch = c(19, 19),        # 显著点形状：19 表示实心圆点
  file = "png",      # 输出文件格式：可选 "jpg", "pdf", "tiff", "png"
  file.name = "manhattan", # 输出文件名：结合 plot.type 生成最终文件名；多个性状则提供多个名称
  dpi = 300,         # 图片分辨率：适用于 jpg, tiff, png 格式
  file.output = TRUE,# 是否输出文件：TRUE 表示保存图片到本地
  verbose = TRUE,    # 是否打印运行日志信息
  width = 14,        # 输出图片的宽度（英寸）
  height = 6         # 输出图片的高度（英寸）
)

输出结果为 Rect_Manhtn.manhattan.png ，设定的 file.name 其实是文件名的主体，如下图。图中下面是SNP密度（默认是计算1MB的位点数目），右上的图标就是密度的颜色渐变指示。

双阈值-无密度条图

在 CMplot中，SNP 密度图是由 chr.den.col控制的。

只要 不设置 chr.den.col，并把 bin.size去掉，就不会画密度条。

CMplot(
  pig60K[, 1:4],
  plot.type = "m",
  LOG10 = TRUE,
  ylim = NULL,
  threshold = c(1e-6, 1e-4),
  threshold.lty = c(1, 2),
  threshold.lwd = c(1, 1),
  threshold.col = c("black", "grey"),
  amplify = TRUE,
  signal.col = c("red", "green"),
  signal.cex = c(1.5, 1.5),
  signal.pch = c(19, 19),
  file = "png",
  file.name = "manhattan",
  dpi = 300,
  file.output = TRUE,
  verbose = TRUE,
  width = 14,
  height = 6
)

单阈值

CMplot(
  pig60K[, 1:4],  # 输入数据：数据框，第1列SNP名，第2列染色体，第3列物理位置，第4列P值
  plot.type = "m", # 绘图类型："m" 表示 Manhattan plot（曼哈顿图）
  LOG10 = TRUE,    # 是否将 P 值转换为 -log10(P) 尺度：TRUE 表示转换
  ylim = NULL,     # Y轴范围：NULL 表示根据数据自动适应，也可设为 c(min, max)
  threshold = 1e-6, # 显著性阈值：设置全基因组显著性水平线（如 Bonferroni 校正后的值）
  threshold.lty = 1, # 阈值线类型：1 表示实线（solid）
  threshold.lwd = 1, # 阈值线宽度：控制线条粗细
  threshold.col = "black", # 阈值线颜色：设置为黑色
  amplify = TRUE,    # 是否放大显著点：TRUE 表示大于阈值线的点会被放大显示
  signal.col = "red", # 显著点颜色：放大后的显著点显示为红色
  signal.cex = 1.5, # 显著点大小：控制放大后点的尺寸
  signal.pch = 19,   # 显著点形状：19 表示实心圆点
  file = "png",      # 输出文件格式：可选 "jpg", "pdf", "tiff", "png"
  file.name = "manhattan", # 输出文件名：结合 plot.type 生成最终文件名
  dpi = 300,         # 图片分辨率：适用于 jpg, tiff, png 格式
  file.output = TRUE,# 是否输出文件：TRUE 表示保存图片到本地
  verbose = TRUE,    # 是否打印运行日志信息
  width = 14,        # 输出图片的宽度（英寸）
  height = 6         # 输出图片的高度（英寸）
)

4. 绘制 QQ 图 (QQ Plot)

代码如下

CMplot(
  pig60K[, 1:4],  # 输入数据：第1列SNP名，第2列染色体，第3列物理位置，第4列P值
  plot.type = "q", # 绘图类型："q" 表示 Q-Q plot（QQ图）
  box = TRUE,     # 是否绘制图形边框：FALSE 表示不绘制, TRUE 表示绘制
  file = "png",    # 输出文件格式：可选 "jpg", "pdf", "tiff", "png"
  file.name = "QQ",# 输出文件名（结合 plot.type 生成，为 QQplot.QQ.png）
  dpi = 300,       # 输出图片的分辨率（适用于 jpg, tiff, png）
  conf.int = FALSE,# 是否在 QQ 图中绘制置信区间：FALSE 表示不绘制
  threshold.col = "red", # 阈值线的颜色（此处用于控制 QQ 图对角线颜色）
  threshold.lty = 1,     # 阈值线的类型：1 表示实线（solid）
  col = "blue",    # 点的颜色：设置 QQ 图中散点的颜色为蓝色
  main = "",       # 主标题：设置为空字符串以去除标题
  axis.cex = 0.8, # 坐标轴刻度标签（数字）的大小：0.8 表示缩小显示
  lab.cex = 0.8,  # 坐标轴标题（如 -log10(P)）的大小：0.8 表示缩小显示
  file.output = TRUE, # 是否输出文件：TRUE 表示保存到本地
  verbose = TRUE,  # 是否打印运行日志信息
  width = 5,       # 输出图片的宽度（英寸）
  height = 5       # 输出图片的高度（英寸）
)