安装新版blupf90环境

解决新版 blupf90 的 Intel Fortran 运行时库和 MKL 环境问题。

下载

下载页面:https://nce.ads.uga.edu/wiki/doku.php?id=distribution

我下载的地址:https://nce.ads.uga.edu/html/projects/programs/Linux/64bit/

直接运行报错

1
2
zhouziwen) [ach0yyfeio@login04 lib]$ /work/home/ach0yyfeio/zhouziwen/lib/blupf90_new/blupf90+
/work/home/ach0yyfeio/zhouziwen/lib/blupf90_new/blupf90+: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

用conda安装环境

🛠️ 安装步骤

在你的 SCNet 集群终端中,依次执行以下命令即可完成安装。

1. 添加 Intel Conda 频道 这一步是为了让 Conda 能够从 Intel 的官方频道下载所需要的安装包(下面是 intel 的新地址)。

1
2
conda config --add channels https://software.repos.intel.com/python/conda/
conda config --add channels conda-forge

2. 安装 Intel 运行时环境 这是最关键的一步。它会安装 blupf90+ 程序运行所必需的 Intel Fortran 运行时库 (intel-fortran-rt) 和 Intel MKL 数学库 (mkl)。

1
conda install intel-fortran-rt mkl

3. 安装 Intel OpenMP 运行时库 这个库是 MKL 实现高性能并行计算所依赖的,建议一并安装以确保最佳性能。我这发现安装前两个库的时候已经安装上这个了,就不需要单独安装这个了。

1
#conda install -c conda-forge intel-openmp

💡 安装完成后仍然提示找不到库文件

请检查 ~/anaconda3/lib 目录下是否存在 libmkl_intel_lp64.solibifcore.so.5 等文件。如果存在但还是报错,那你可能需要确认 LD_LIBRARY_PATH 设置的路径是否完全正确。

LD_LIBRARY_PATH 是 Linux/Unix 系统中的一个环境变量,它的作用是告诉操作系统:“当程序需要找共享库(.so 文件)时,除了系统默认目录,也要去我指定的这些目录里找一找。”

步骤 1:确认库文件位置

1
2
3
4
5
# 激活你的 conda 环境
conda activate zhouziwen

# 查看 lib 目录下是否有相关的 .so 文件
ls $CONDA_PREFIX/lib | grep -E "libiomp5|libmkl"

步骤 2:设置库路径(如果需要)

通常,激活 conda 环境后,$CONDA_PREFIX/lib 会自动加入 LD_LIBRARY_PATH。如果程序还是找不到库,可以手动设置(不过这是临时设置,只对当前终端会话生效;加到 ~/.bashrc 文件中 可以永久生效,但是可能导致库版本冲突(比如程序A需要libv1,但程序B需要libv2,系统可能找到错误的版本) ):

1
export LD_LIBRARY_PATH=$CONDA_PREFIX/lib:$LD_LIBRARY_PATH

步骤 3:运行你的程序

1
/work/home/ach0yyfeio/zhouziwen/lib/blupf90_new/blupf90+
  • 版权声明: 本博客所有文章除特别声明外,著作权归作者所有。转载请注明出处!
  • Copyrights © 2019-2026 Vincere Zhou
  • 访问人数: | 浏览次数:

请我喝杯茶吧~

支付宝
微信